初秋のある日、道場の少年たちの喧嘩の仲裁に入った清左衛門（北大路欣也）は、事の起こりとなった少年・俊吾（一ノ瀬嵐）のことを気に掛ける。その父である柘植孫四郎（甲本雅裕）は、8年前、剣の腕を見込まれて要人の護衛を引き受けたものの、刺客に襲われて任務に失敗。さらには妻・瑞江（清水美砂）を不貞の疑いで離縁するなど、心に大きな傷を抱えていた。

清左衛門は、息子の妻・里江（優香）や自らが見聞きした俊吾、瑞江の心の内を孫四郎に語り、彼らの思いを汲むように諭す。さらに孫四郎から8年前の事件の始終を聞き出すと、そこに派閥争いに影響した「もうひとつの死」が関わっているのではと疑念を抱く。盟友・佐伯熊太（伊東四朗）の助力を得て、真相を明らかにするべく清左衛門は調べ始めるが、その矢先に新たな事件が起こり…。

権力者となった筆頭家老・朝田弓之助（金田明夫）の影を感じつつ、複雑に絡まった事件の謎を紐解いていく清左衛門。それぞれの思いが交差する中で、闇の思惑に翻弄された家族に、再び笑顔は戻ってくるのか――。

「日残リテ昏ルルニ未ダ遠シ―」